Từ giữa những năm 1990, Sơn dương núi Pakistan được liệt kê trong Phụ lục I của Công ước CITES, theo đó nghiêm cấm tất cả hoạt động buôn bán loài này mà không có giấy phép. Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế đã phân loại Sơn dương núi Pakistan vào loài nguy cấp, có nghĩa loài đang phải đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng trong tương lai gần nếu những nỗ lực bảo tồn không được duy trì. Đã có những ước tính khác nhau cho là nhiều Sơn dương núi Pakistan còn tồn tại nhưng một ước tính toàn cầu thống kê rằng số lượng ít hơn 2.500 cá thể trưởng thành, với mỗi tiểu quần thể ít hơn 250 cá thể.[34] Có nhiều khu bảo tồn ở Tajikistan để bảo vệ Sơn dương núi Pakistan. Năm 1973, hai khu bảo tồn đã được thành lập. Khu bảo tồn Dashtijum Strict (còn gọi là Zapovednik bằng tiếng Nga) bảo vệ Sơn dương núi Pakistan trên diện tích 20.000 ha. Khu dự trữ Dashtijum (gọi là Zakasnik bằng tiếng Nga) bao phủ diện tích 53.000 ha. Mặc dù những khu dự trữ tồn tại để bảo vệ và bảo tồn quần thể sơn dương, nhưng quy định được thực thi kém làm nạn săn trộm nói chung vẫn diễn ra cũng như hủy hoại môi trường sống.[1][26] Mặc dù, loài này vẫn phải đối mặt nhiều mối đe dọa đang diễn ra, nhưng những nghiên cứu gần đây cho thấy một vài thành công đáng kể từ các phương pháp bảo tồn. Phương pháp này bắt đầu vào năm 1900 khi một thợ săn địa phương đã bị thuyết phục bởi một khách du lịch săn thú nhằm ngăn chặn nạn săn trộm Sơn dương núi Pakistan. Người thợ săn địa phương thành lập một uỷ ban bảo vệ phối hợp với hai tổ chức khác ở địa phương gọi là Morkhur và Muhofiz. Hai tổ chức này hy vọng rằng những cuộc đàm luận của họ sẽ không chỉ giúp bảo vệ, mà còn cho phép họ cứu sống loài sơn dương này. Cộng đồng địa phương được khuyến khích bảo tồn Sơn dương núi Pakistan thông qua nhiều ưu đãi kinh tế. Cách thức này khá hiệu quả so với các vùng đất bảo vệ thiếu thực thi và bảo mật.[35] Tại Ấn Độ, Sơn dương núi Pakistanđược bảo vệ (Mục I) theo luật bảo vệ thiên nhiên hoang dã Jammu và Kashmir năm 1978.[33]